• Zakład Biofizyki Molekularnej i Międzyfazowej
  kierownik: prof. Andrzej Budkowski
• Zakład Doświadczalnej Fizyki Komputerowej
  kierownik: prof. Marcin Wójcik
• Zakład Fizyki Ciała Stałego
  kierownik: prof. Rafał Kozubski
• Zakład Fizyki Gorącej Materii
  kierownik: prof. Roman Płaneta
• Zakład Fizyki Medycznej
  kierownik: prof. UJ Ewa Stępień
• Zakład Fizyki Nanostruktur i Nanotechnologii
  kierownik: prof. Marek Szymoński
• Zakład Fotoniki
  kierownik: prof. Jarosław Koperski
• Zakład Inżynierii Nowych Materiałów
  kierownik: dr hab. Jakub Rysz
• Zakład Metodyki Nauczania i Metodologii Fizyki
  kierownik: prof. Antoni Pędziwiatr
• Zakład Optyki Atomowej
  kierownik: prof. Jakub Zakrzewski
• Zakład Promieniowania Synchrotronowego
  kierownik: prof. Jacek Kołodziej
• Zespół Zakładów Fizyki Jądrowej
  kierownik: prof. Paweł Moskal
• Zakład Doświadczalnej Fizyki Cząstek i jej Zastosowań
  kierownik: prof. Paweł Moskal
• Zakład Fizyki Hadronów
  kierownik: prof. Piotr Salabura
• Zakład Teorii Układów Jądrowych
  kierownik: prof. Jacek Golak
• Zespół Zakładów Fizyki Teoretycznej UJ
  kierownik: prof. Jerzy Szwed
• Zakład Dyskretnej Teorii Pola
• Zakład Fizyki Statystycznej
  kierownik: prof. Lech Longa
• Zakład Kwantowej Teorii Wielu Ciał
  kierownik: prof. Andrzej M. Oleś
• Zakład Teorii Cząstek
  kierownik: prof. Michał Praszałowicz
• Zakład Teorii Materii Skondensowanej i Nanofizyki
  kierownik: dr hab. Adam Rycerz
• Zakład Teorii Pola
  kierownik: prof. Andrzej Sitarz
• Zakład Teorii Układów Złożonych
  kierownik: prof. Maciej A. Nowak
• Zakład Teorii Względności i Astrofizyki
  kierownik: prof. Edward Malec
• Zakład Zastosowań Metod Obliczeniowych
  kierownik: prof. Jerzy Szwed