- Zakład Doświadczalnej Fizyki Komputerowej
kierownik: dr hab. Grzegorz Zuzel - Zakład Fizyki Gorącej Materii
kierownik: prof. Roman Płaneta - Zakład Fizyki Medycznej
kierownik: prof. UJ Ewa Stępień - Zakład Fizyki Nanostruktur i Nanotechnologii
kierownik: prof. Marek Szymoński - Zakład Fotoniki
kierownik: prof. Jarosław Koperski - Zakład Metodyki Nauczania i Metodologii Fizyki
kierownik: prof. Antoni Pędziwiatr - Zakład Promieniowania Synchrotronowego
- kierownik: prof. Jacek Kołodziej
- Zespół Zakładów Fizyki Jądrowej
kierownik: prof. Paweł Moskal - Zakład Doświadczalnej Fizyki Cząstek i jej Zastosowań
kierownik: prof. Paweł Moskal - Zakład Fizyki Hadronów
kierownik: prof. Piotr Salabura - Zakład Teorii Układów Jądrowych
kierownik: prof. Jacek Golak - Zespół Zakładów Fizyki Zaawansowanych Materiałów i Biofizyki Molekularnej
- kierownik: dr hab. Monika Marzec, prof. UJ
- Zakład Biofizyki Molekularnej i Międzyfazowej
kierownik: prof. Andrzej Budkowski - Zakład Fizyki Ciała Stałego
kierownik: prof. Rafał Kozubski - Zakład Inżynierii Nowych Materiałów
kierownik: dr hab. Jakub Rysz