- Zakład Doświadczalnej Fizyki Komputerowej
kierownik: dr hab. Grzegorz Zuzel - Zakład Fizyki Gorącej Materii
kierownik: prof. Roman Płaneta - Zakład Fizyki Medycznej
kierownik: prof. UJ Ewa Stępień - Zakład Fizyki Nanostruktur i Nanotechnologii
kierownik: prof. Marek Szymoński - Zakład Fotoniki
kierownik: prof. Jarosław Koperski - Zakład Metodyki Nauczania i Metodologii Fizyki
kierownik: prof. Antoni Pędziwiatr - Zakład Optyki Atomowej
kierownik: prof. Jakub Zakrzewski - Zakład Promieniowania Synchrotronowego
kierownik: prof. Jacek Kołodziej - Zespół Zakładów Fizyki Jądrowej
kierownik: prof. Paweł Moskal - Zakład Doświadczalnej Fizyki Cząstek i jej Zastosowań
kierownik: prof. Paweł Moskal - Zakład Fizyki Hadronów
kierownik: prof. Piotr Salabura - Zakład Teorii Układów Jądrowych
kierownik: prof. Jacek Golak - Zespół Zakładów Fizyki Teoretycznej UJ
kierownik: prof. Jerzy Szwed - Zakład Dyskretnej Teorii Pola
- Zakład Fizyki Statystycznej
kierownik: prof. Lech Longa - Zakład Kwantowej Teorii Wielu Ciał
kierownik: prof. Andrzej M. Oleś - Zakład Teorii Cząstek
kierownik: prof. Michał Praszałowicz - Zakład Teorii Materii Skondensowanej i Nanofizyki
kierownik: dr hab. Adam Rycerz - Zakład Teorii Pola
kierownik: prof. Andrzej Sitarz - Zakład Teorii Układów Złożonych
kierownik: prof. Maciej A. Nowak - Zakład Teorii Względności i Astrofizyki
kierownik: prof. Edward Malec - Zakład Zastosowań Metod Obliczeniowych
kierownik: prof. Jerzy Szwed - Zespół Zakładów Fizyki Zaawansowanych Materiałów i Biofizyki Molekularnej
kierownik: dr hab. Monika Marzec, prof. UJ - Zakład Biofizyki Molekularnej i Międzyfazowej
kierownik: prof. Andrzej Budkowski - Zakład Fizyki Ciała Stałego
kierownik: prof. Rafał Kozubski - Zakład Inżynierii Nowych Materiałów
kierownik: dr hab. Jakub Rysz