• Zakład Doświadczalnej Fizyki Komputerowej
  kierownik: dr hab. Grzegorz Zuzel, prof. UJ
• Zakład Fizyki Gorącej Materii
  kierownik: dr hab. Paweł Staszel, prof. UJ
• Zakład Fizyki Medycznej
  kierownik: prof. Ewa Stępień
• Zakład Fizyki Nanostruktur i Nanotechnologii
  kierownik: prof. Zbigniew Postawa
• Zakład Fotoniki
  kierownik: prof. Jarosław Koperski
• Zakład Promieniowania Synchrotronowego
  kierownik: prof. Jacek Kołodziej
• Zespół Zakładów Fizyki Jądrowej
• Zakład Doświadczalnej Fizyki Cząstek i jej Zastosowań
  kierownik: prof. Paweł Moskal
• Zakład Fizyki Hadronów
  kierownik: prof. Piotr Salabura
• Zakład Teorii Układów Jądrowych
  kierownik: prof. Jacek Golak
• Zespół Zakładów Fizyki Zaawansowanych Materiałów i Biofizyki Molekularnej
• Zakład Biofizyki Molekularnej i Międzyfazowej
  kierownik: prof. Andrzej Budkowski
• Zakład Fizyki Ciała Stałego
  kierownik: prof. Franciszek Krok
• Zakład Inżynierii Nowych Materiałów
  kierownik: prof. Monika Marzec